El IIFB organiza su trabajo mediante Grupos de Trabajo Temáticos (GT) abiertos, que se reúnen periódicamente para debatir temas y contribuir a la elaboración de una postura que se presentará a nivel internacional. Cada paso de este proceso se rige por los Principios de Trabajo:

1. Participativo:permitiendo generar opinión activa y aportes de todos los actores involucrados en el proceso.
2. INTEGRAL:permitiendo tener en cuenta las opiniones y aportaciones de todos los implicados en el proceso.
3. Gestión sistemática del riesgo. :asegurar la recopilación de todos los elementos y etapas que surgen durante el desarrollo del proceso;
4. Metodología :tomando en cuenta la realidad de los Pueblos Indígenas, flexibilidad en plazos, que promuevan y concluyan en compromisos y acciones concretas.
5. Respeto:teniendo en cuenta y aceptando que tenemos diversos puntos de vista y opiniones sobre un mismo tema, y ​​teniendo en cuenta que hay unidad en la diversidad cultural.
6. Reciprocidad:respeto mutuo por la cultura, las visiones del mundo y los diversos sistemas de conocimiento, así como el intercambio de conocimientos e información.
7. Simple y eficiente: facilita una comprensión amplia y clara de las acciones, procesos y resultados