O IIFB organiza seu trabalho em Grupos de Trabalho Temáticos (GTs) abertos, que se reúnem regularmente para discutir tópicos e ajudar a chegar a uma posição que será apresentada em nível internacional. Cada etapa desse processo é orientada pelos Princípios de Trabalho:

1. Participativo: permitindo gerar opinião ativa e contribuições de todos os atores envolvidos no processo.
2. Inclusivo: permitindo levar em conta as opiniões e contribuições de todos os envolvidos no processo.
3. Sistemático: garantir a compilação de todos os elementos e etapas que surgem durante o desenvolvimento do processo;
4. Prática: levando em conta a realidade dos Povos Indígenas, flexibilidade quanto aos prazos, que promovam e concretizem compromissos e ações concretas.
5. Respeito: levar em conta e aceitar que temos visões e opiniões diversas sobre o mesmo assunto e levar em conta que há unidade na diversidade cultural.
6. Reciprocidade: respeito mútuo pela cultura, visões de mundo e diversos sistemas de conhecimento, bem como compartilhamento de conhecimento e informação.
7. Simples e eficiente: facilita uma compreensão ampla e clara das ações, processos e resultados